Integrační snahy v oblasti vysokého školství v Evropě výrazně ovlivnilo podepsání Boloňské deklarace v roce 1999 ministry z 29 evropských zemí včetně ČR. V Boloňské deklaraci bylo stanoveno šest konkrétních cílů, s jejichž splněním se počítalo do roku 2010:
- Přijmout systém srozumitelných a srovnatelných stupňů/titulů vysokoškolského vzdělání.
- Přijmout systém založený na pregraduálním a (post)graduálním cyklu. To znamená v konečném důsledku existenci celkem tří stupňů studia – bakalářského, magisterského a doktorského, přičemž vysokoškolské vzdělání lze získat již po třech letech úspěšného absolvování bakalářského studia. Protože restrukturalizace vysokoškolského studia, především rozdělení klasického, dlouhého magisterského studia na dva úseky, má sloužit k naplňování různých potřeb – individuálních, akademických a trhu práce, rozdíl mezi nimi spočívá v odlišných výstupech z učení a osvojených kompetencích.
- Zavést systém kreditů, který bude podporovat studentskou mobilitu. Tento systém bude moci přesahovat i z vysokoškolského vzdělávání do celoživotního učení.
- Podporovat mobilitu studentů, akademických, výzkumných a administrativních pracovníků VŠ.
- Podporovat evropskou spolupráci v oblasti kvality vysokoškolského vzdělávání.
- Posilovat evropskou dimenzi ve vysokoškolském vzdělávání. V současné době se tak děje např. prostřednictvím realizace společných studijních programů typu joint degree nebo double degree.
Na dalších pravidelných konferencích (2001 Praha, 2003 Berlín, 2005 Bergen, 2007 Londýn, 2009 Lovaň a 2010 Budapešť a Vídeň) se tyto cíle dále rozšiřovaly a zpřesňovaly a k dohodě přistupovaly další státy. Zároveň jednotlivé státy přikročily k realizaci těchto reforem, které ovšem probíhaly různým tempem. Některé země nařídily rozdělení studia zákonem, jiné je vysokým školám a akreditačním institucím doporučily. V ČR bylo dělené studium zavedeno už v zákoně 111 z roku 1998.
V roce 2004 i FP zahájila přípravu na přechod k nové organizaci studia. Byla zpracována analýza studijních modelů učitelství v evropských i vybraných neevropských zemích, na jejím základě byly zvoleny varianty postupu a předloženy k celofakultní diskusi. Ta probíhala na úrovni kateder s účastí vedení fakulty, v říjnu 2004 pak byla završena fakultním seminářem. V návaznosti na tyto aktivity byla na přelomu roku 2004/2005 ustavena pracovní skupina pod vedením doc. Šedlbauera, která byla tvořena zástupci všech kateder FP. Jejím úkolem byla koordinace prací na akreditačních podkladech na jednotlivých katedrách a implementace fakultních principů tvorby podkladů do jednotlivých oborů. Transformačním a rozvojovým programem MŠMT byla podpořena tato činnost prostřednictvím projektu „Restrukturalizace studijních programů na FP TUL“.
V listopadu 2005 byly základní akreditační dokumenty předloženy ke schválení VR FP TUL. V prosinci 2005 ukončila pracovní skupina svou činnost ve chvíli, kdy byly akreditační podklady obsahově připraveny k závěrečné formální redakci na DFP.
Připravené akreditační materiály byly poté předloženy na jaře 2006 Akreditační komisi ČR, která v průběhu roku 2006 schválila v rámci bakalářského studijního programu Specializace v pedagogice tyto studijní obory: Anglický jazyk se zaměřením na vzdělávání, Český jazyk a literatura se zaměřením na vzdělávání, Fyzika se zaměřením na vzdělávání, Geografie se zaměřením na vzdělávání, Historie se zaměřením na vzdělávání, Humanitní studia se zaměřením na vzdělávání, Chemie se zaměřením na vzdělávání, Informatika se zaměřením na vzdělávání, Matematika se zaměřením na vzdělávání, Německý jazyk se zaměřením na vzdělávání, Španělský jazyk se zaměřením na vzdělávání, a v rámci programu Tělesná výchova a sport obor Tělesná výchova se zaměřením na vzdělávání.
Zároveň byly úspěšně akreditovány navazující magisterské studijní programy Učitelství pro základní školy (obory Učitelství německého jazyka pro 2. stupeň ZŠ, Učitelství zeměpisu pro 2. stupeň ZŠ, Učitelství dějepisu pro 2. stupeň ZŠ, Učitelství matematiky pro 2. stupeň ZŠ, Učitelství fyziky pro 2. stupeň ZŠ, Učitelství chemie pro 2. stupeň ZŠ, Učitelství informatiky a výpočetní techniky pro 2. stupeň ZŠ, Učitelství tělesné výchovy pro 2. stupeň ZŠ), Učitelství pro střední školy (obory Učitelství fyziky pro střední školy, Učitelství informatiky a výpočetní techniky pro střední školy, Učitelství matematiky pro střední školy, Učitelství všeobecně vzdělávacích předmětů pro základní a střední školy – český jazyk, Učitelství všeobecně vzdělávacích předmětů pro základní a střední školy – základy společenských věd).
Na základě úspěšné akreditace tak bylo možné vypsat přijímací řízení do nově strukturovaných programů, poprvé pro akademický rok 2007/2008. První studenti v těchto programech tak zahájili své studium na podzim 2007, v rámci bakalářského programu měli možnost volit buď specializovaný modul, který prohluboval znalosti oboru, nebo pedagogicko-psychologický modul, který byl chápán jako základ budoucí pedagogicko-psychologické a didaktické přípravy v navazujícím učitelském studiu.
