Kreditní systém byl na univerzitě zaveden poprvé v akademickém roce 2003/2004. Všem studentům fakulty byla tehdy přiznána suma kreditů, která odpovídala dosud splněným studijním povinnostem. Dřívější vysokoškolské studium totiž přesně předepisovalo, které kurzy (přednášky, semináře, cvičení atd.) musí student během studia absolvovat.
Systém vysokého školství v České republice dostal nový směr v 90. letech, kdy se začal transformovat vlivem aktivit Evropské unie a Boloňského procesu, který usiluje o vytvoření evropského prostoru vysokoškolského vzdělávání. Tento proces byl započat podepsáním Boloňské deklarace v roce 1999 ministry z 29 evropských zemí včetně České republiky. Jedním z cílů Boloňské deklarace bylo vytvoření systému kreditů, jenž bude usnadňovat mobilitu v rámci vysokoškolských institucí. Evropský systém pro přenos a akumulaci kreditů (European Credit Transfer and Accumulation System, ECTS) má počátky v roce 1989, kdy se stal součástí programu Erasmus, který funguje jako program mobility pro vysokoškolské studenty, pedagogy a pracovníky již od roku 1987.
Vznik ECTS byl tak původně spojen s přenosem kreditů při uznávání studia v zahraničí, aby usnadňoval mobilitu studentů. Na Berlínském komuniké v roce 2003 bylo dohodnuto, že ECTS bude sloužit také jako systém akumulace kreditů, který využívají i nemobilitní studenti za účelem získání titulu. ECTS tak nejenže usnadňuje uznávání kvalifikací a částí studia, ale pomáhá například při kontrole studijních povinností a studentům poskytuje větší volnost při sestavování studijního plánu a větší prostupnost studia. Systém ECTS je nastaven tak, že studijní zátěž v jednom akademickém roce odpovídá 60 kreditům.
Stěžejní otázkou kreditního systému je, jakým způsobem jednotlivým komponentům studia kredity (kreditní body) správně přidělovat. Základem pro přidělování kreditů má být podle ECTS primárně studijní zátěž průměrného studenta, resp. čas spojený s veškerými aktivitami studenta v procesu učení. Důležitým krokem při odhadování studijní zátěže by ale mělo být definování výstupů z učení, které specifikují, jaké aktivity v procesu učení se použijí. Pouze počet kontaktních hodin nebo důležitost předmětu nemají hrát v přidělování kreditů roli.
V návaznosti na přijetí kreditového systému byla v roce 2004 dokončena harmonizace studijních předpisů v rámci univerzity, která byla spojena i s přechodem na elektronický systém studijní agendy IS STAG.
